Биоинформатика в России сегодня и завтра

Прошло чуть меньше года после того, как в марте 2015 года Московский Центр исследований и разработок ЕМС по облачным вычислениям и большим данным и НИУ «Высшая школа экономики» (ВШЭ) представили результаты исследования, посвященного рынку биоинформатики в России – в работе над этим исследованием я принимал участие. Вообще, иоинформатика, а именно исследования в области генетики, – одна из основных тем Московского центра исследований и разработок компании ЕМС. В начале декабря текущего года в рамках научных встреч Центра – EMC Science café – я проанализировал, какие изменения экосистемы рынка биоинформатики произошли в России к сегодняшнему дню и рассказал, что нового можно ожидать в его развитии в ближайшем будущем. Сейчас я хочу поделиться результатами своих исследований с читателями Rusbase.

Развитие событийной инфраструктуры и постепенное «открытие» рынка все больше привлекает внимание и интерес инвесторов: представителей фондов чаще можно встретить на профильных мероприятиях.

Ряд ученых и специалистов по биоинформатике возвращаются из-за рубежа обратно в Россию, отучившись или получив опыт научной деятельности. Они видят, что российский рынок биоинформатики развивается, в том числе – начинает привлекать финансирование, что очень важно для молодых ученых и выпускников вузов. И эта тенденция хорошо влияет на общее состояние рынка.

Хотя заметна положительная динамика, важными сдерживающими факторами целостного развития рынка биоинформатики по-прежнему остаются:

• Слабая государственная поддержка;
• Скепсис врачей и пациентов по поводу персонализированной медицины. В целом, никто не верит в возможность того, что произойдет переход и новая медицина будет работать эффективно;
• Слабая осведомленность общества о возможностях современной геномики.

Кроме этого, биоинженерия, которая поддерживает биоинформатику «снизу», обеспечивая ее материалом (реактивами, биоматериалами и т.д.) для дальнейшего проведения анализа и исследований, сейчас находится в очень трудной ситуации. Доставка реактивов из-за границы затруднена и может длиться месяцы по причине длительных задержек на таможне. Эти условия негативно влияют и на развитие биоинформатики в целом.

Во многих крупных вузах страны на факультетах по биоинформатике до сих пор отсутствуют специализированный курсы по технологиям секвенирования (расшифровки ДНК), работе с данными, полученными в результате секвенирования, их анализу и применению в биоинформатике. Однако ситуация меняется, университеты начинают обращаться к ведущим специалистам рынка, создавать возможности для дополнительного образования в рамках существующих учебных программ.

Главные тренды биоинформатики – 2015:

1. Персонализированная геномика

Главная мировая тенденция, которая появилась за рубежом и должна через некоторое время дойти до России – персонализированная геномика. Хорошим примером является компания yFull, созданная русскими программистами. Она позволяет загрузить геном одного человека, отсканированный другой компанией, и выяснить свое место на генетическом дереве всех людей.

2. «Геномный App Store»

Еще более масштабный проект, Helix, готовит Illumina с соинвесторами: они будут хранить человеческий геном в облаке, а партнеры – коммерческие и научные группы – смогут предлагать инструменты для его анализа. Должен получится своего рода «App Store для генома».

3. Снижение стоимости расшифровки ДНК

Снижение стоимости секвенирования – другой ярко выраженный тренд. К тому же, приборы становятся в несколько раз меньше, компактнее и могут помещаться в ладонь взрослого человека. Например, Oxford Nanopore – прибор для секвенирования размером с кликер для презентации, с помощью которого можно в течение часа расшифровать свой геном. Эта технология только появилась и тестируется, о ее надежности пока рано говорить, но направление дальнейшего развития очень четко прослеживается.

4. Модификации человеческого генома

За последний год генные инженеры с помощью технологии CRISPR почти научились менять геном взрослого человека произвольным образом – это еще одна тема, активно обсуждаемая мировым сообществом. Через несколько лет такая технология станет доступной для пациентов, это будет революция в биоинформатике. Главным ее вопросом станет – как именно можно поменять человеческий геном, чтобы улучшить здоровье каждого. То есть можно будет говорить уже не просто о персональной медицине, а о возможности редактирования генома.

Что делать молодым специалистам?

В какие компании идти? Или лучше создавать стартап самостоятельно?

Сейчас существует четыре варианта:

1. Лаборатории

Зарплата – от 5 до 30 тыс. руб., плюс гранты. В Москве порядка 40 лабораторий, которые занимаются биоинформатикой, в Санкт-Петербурге –15, по стране – еще 20.

2. Биотех-компании

Компаний, в которых нужны биоинформатики, в России приблизительно 40, почти все расположены в Москве и Санкт-Петербурге.

Зарплата: 20 – 150 тыс. руб.

3. Собственная компания

Команду собрать получится без труда, идей и ниш большое количество. Самое сложное – это найти инвестиции. Тут можно пойти к бизнес-ангелам либо сразу в фонд. Российские фонды, инвестирующие в биотех и биоинформатику, отлично описаны в обзоре от Rusbase.

Обычно российские биоинформатические фирмы покупают крупные игроки из фармы, пока было не более 5 экзитов.

Зарплата: 0 – 200 тыс. руб.

4. Смежные области

Образование, научпоп, патенты, гранты.

Обычно этот вариант рассматривается как подработка, но может стать основным источником дохода. «Постнаука», FutureBiotech, Geek Picnic, Школа биоинформатики, «Бластим», Институт биоинформатики, разовые мероприятия – всем нужны лекторы, и их сейчас не хватает.

Зарплата: 20 – 150 тыс. руб.

Сейчас есть два больших кластера, которые занимаются и наукой, и образованием, и популяризацией:

1. Михаил Гельфанд с командой в Москве: публичные лекции, хакатоны, зимние школы FutureBiotech, семинары, круглые столы. Компания «Бластим» также причисляет себя к этой команде;
2. Институт биоинформатики в Санкт-Петербурге: публичные лекции, летние школы, семинары.

Инициатором обзора выступил Московский центр исследований и разработок EMC по большим данным и облачным технологиям (НИЦ EMC).

Материалы по теме:

Почему я выбрала биоинформатику – мнение ученого

Кто инвестирует в биотехнологии и биомедицину?

iBinom: Команда работает на сверхидею — увеличить продолжительность жизни

Сложности, с которыми мы столкнулись, продавая химические наборы

Что мы можем сделать для планеты?

Как биотех-проекту подготовиться ко встрече с инвестором

Кто инвестирует в биотехнологии и биомедицину?

Видео по теме: